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绝经后骨质疏松症差异microRNA表达及靶基因分析 |
黄大耿 郝定均 张峰 贺宝荣 孙宏慧 赵勤鹏 刘翠翠 王冀邯 |
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摘要 目的 分析绝经后骨质疏松症(PMOP)女性外周血及骨组织中microRNA(miRNA)表达谱的变化,并对差异miRNA进行靶基因分析,为研究PMOP发病机制、筛选早期诊断标志物及骨质疏松性骨折的预防提供依据。 方法 获取公共数据平台NCBI-GEO DataSets中的PMOP miRNA研究数据:第一组为GSE64433数据集,包含23例PMOP患者及25例对照者的外周血样本miRNA表达谱;第二组为GSE74209数据集,包含6例PMOP患者及6例对照者的股骨颈骨组织样本miRNA表达谱。运用R/Bioconductor进行数据处理及差异miRNA分析,筛选每组中PMOP与对照者间表达倍数改变>2,P<0.05的miRNA为组间差异表达miRNA。结合TargetScan、miRDB、miRTarBase数据库进行miRNA靶基因预测,选取在三个数据库中均存在的靶基因,运用Cytoscape绘制并分析miRNA-靶基因调控网络图。 结果 在第一组中(GSE64433数据集),PMOP外周血筛选出224个差异表达miRNA(75个上调miRNA,149个下调miRNA);在第二组中(GSE74209数据集),PMOP股骨颈骨组织中筛选出132个差异表达miRNA(58个上调miRNA,74个下调miRNA)。将第一组及第二组中的差异miRNA取交集,得到8个miRNA在PMOP均呈下调改变,共调控327个靶基因,且其中10个靶基因受到两个miRNA的共同调控。 结论 PMOP miRNA-靶基因调控网络中的核心miRNA及受到多个miRNA共同调控的靶基因可能在其发病与进展中起到了一定的作用,有作为疾病分子标志物的潜在应用价值。这对PMOP的发生发展、诊断标志物筛选及骨质疏松性骨折预防等相关研究有重要意义。
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