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摘要 目的 筛选创伤性脑损伤(TBI)小鼠脑细胞间隙外泌体中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其对脑损伤修复的生物学作用。
方法 将24只雄性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为TBI组和对照组,各组12只。TBI组行磨钻钻开颅骨并液压打击,对照组只行磨钻钻开颅骨。伤后3 h采集脑组织标本,采用木瓜蛋白酶消化法结合外泌体分离试剂盒分离脑细胞间隙外泌体,磷钨酸负染法在透射电镜下观察外泌体外观,Western blot鉴定外泌体标志性蛋白溶酶体相关膜蛋白3(CD63)、肿瘤易感基因101(TSG101)和热休克蛋白70(HSP70)。外泌体鉴定完成后,构建RNA文库并进行文库质控,对lncRNA进行高通量测序,随后验证lncRNA高通量测序结果,即随机选择5个差异表达的lncRNA,并用qRT-PCR法验证lncRNA高通量测序结果的准确性。再对差异表达的lncRNA进行筛选。最后,进行差异表达lncRNA的生物信息学分析,即根据差异表达的lncRNA相关基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。
结果 (1)外泌体鉴定:外泌体呈杯状,膜清晰完整,直径 30~100 nm。Western blot 鉴定结果显示,外泌体表达CD63、TSG101和HSP70等典型的外泌体标志物,同时表达星形胶质细胞标志物胶质纤维酸性蛋白(GFAP),且这些标志物均存在于脑组织中。(2)lncRNA高通量测序数据准确性验证:lncRNA的准确率为4/5,表明lncRNA的测序结果基本可靠。(3)TBI后差异表达的外泌体lncRNA的筛选:与对照组相比,TBI组共有442个lncRNA显著差异表达,包括255个上调lncRNA和187个下调lncRNA。(4)TBI后差异表达lncRNA的生物信息学分析:GO分析结果显示,差异表达的lncRNA主要参与细胞定位、认知、学习或记忆,与细胞核和细胞器的组成密切相关,并与蛋白质、氧和激酶的结合过程有关。KEGG通路分析结果显示,上调的lncRNA主要富集在丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路中,而下调的lncRNA主要富集在胞吞通路中。信号通路关系网络显示MAPK信号通路在下游水平发挥关键作用。
结论 TBI小鼠脑细胞间隙外泌体中lncRNA表达谱存在显著差异,且差异表达的lncRNA可能通过参与MAPK和胞吞作用信号通路来介导脑损伤后神经元修复、机体预后及学习能力恢复的过程。
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